HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA
HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA
Glioma merupakan jenis tumor otak ganas primer. Adanya glioma dapat ditandai
dengan mutasi R132H pada Isocitrate dehydrogenase tipe 1 (IDH1). IDH1
(R132H) yang mengandung epitop imunogenik yang spesifik terhadap tumor dan
cocok untuk dijadikan vaksin perlu diketahui strukturnya. Oleh karena itu, perlu
dilakukan homology modeling epitop IDH1 (R132H). TMHMM, MEMSAT-SVM dan
MEMSAT3 digunakan untuk memprediksi topologi transmembran IDH1 (R132H).
Analisis epitop-epitop IDH1 (R132H) dilakukan menggunakan NetMHCII dan
IEDB. Epitop-epitop hasil analisis diprediksi antigenisitasnya dengan
menggunakan VaxiJen sehingga didapatkan 91 epitop. Homology modeling
epitop-epitop yang memiliki kemungkinan sebagai antigen dilakukan dengan
menggunakan Modeller, I-TASSER dan (PS)2. Hasil homology modeling epitopepitop
IDH1 (R132H) divalidasi dengan MolProbity, ProSA-web dan QMEAN.
Kemudian dipilih satu model 3D dari tiga model hasil homology modeling untuk
setiap epitop dan dilakukan refinement pada struktur Epitop-1 sampai Epitop-91
dengan menggunakan GalaxyRefine dan GROMACS untuk minimisasi energi.
http://repository.uhamka.ac.id/788/1/189-73-6520-1-10-20190410.pdf
